Prix de Thèse 2024

Les lauréats

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  UMR_S 1121/EMR 7003 – Biomatériaux et Bioingénierie - Centre de Recherche en Biomédecine de Strasbourg (CRBS)
  
  Directeur de thèse : Pr. Christian DEBRY
  
  Reconstruction laryngo-trachéale à partir de matériaux protéiques et d'ingénierie tissulaire
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  Dr. Christelle BERTSCH
  
  Prix de Thèse SBS "Prix Jean-Marie Mantz – Faculté de Médecine de Strasbourg"
  
  UMR_S 1121/EMR 7003 – Biomatériaux et Bioingénierie - Centre de Recherche en Biomédecine de Strasbourg (CRBS)
  
  Directeur de thèse : Pr. Christian DEBRY
  
  Reconstruction laryngo-trachéale à partir de matériaux protéiques et d'ingénierie tissulaire
  

  La majorité des lésions de segments courts de la trachée sont traitées par résection puis anastomose directe termino-terminale. Pour les segments longs, il est nécessaire de procéder à une reconstruction anatomique. Notre objectif était de construire un substitut trachéal purement protéique. Avant d'aborder l'élaboration d'un tube de plusieurs centimètres de long, nous avons réalisé des membranes d'albumine de quelques millimètres de diamètre et d'épaisseur, constituées d'une couche lisse et d'une couche poreuse, respectivement destinées au développement d'un épithélium (face endoluminale de la trachée) et de cartilage (structure de soutien de la trachée). La mise en culture de cet échafaudage bicouche, en présence de chondrocytes sur la couche poreuse, montre une régénération de cartilage homogène, mature et viable de type hyalin, reproduisant la structure du cartilage naturel. Par la suite, nous avons réalisé un tube bicouche pour nous rapprocher de la forme de la trachée. Ce changement d'échelle a demandé la conception et la fabrication d'un bioréacteur pour permettre la culture cellulaire sur cet échafaudage. Ces travaux offrent une nouvelle voie de recherche pour la reconstruction trachéale, préambule aux reconstructions laryngées.
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  UMR 7364 - Laboratoire de neurosciences cognitives et adaptatives (LNCA)
  
  Directrice de thèse : Dr. Karine MERIENNE
  
  Caractérisation et modulation non pharmacologique des dérégulations épigénétiques associées à la maladie de Huntington : vers l’identification de nouvelles cibles thérapeutiques
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  Dr. Baptiste BRULÉ
  
  Prix de Thèse SBS "ITI Neurostra"
  
  UMR 7364 - Laboratoire de neurosciences cognitives et adaptatives (LNCA)
  
  Directrice de thèse : Dr. Karine MERIENNE
  
  Caractérisation et modulation non pharmacologique des dérégulations épigénétiques associées à la maladie de Huntington : vers l’identification de nouvelles cibles thérapeutiques
  

  La maladie de Huntington (MH) est une maladie génétique associée à des symptômes comportementaux caractéristiques provoqués par la dégénérescence du striatum. Le mécanisme pathologique est complexe et implique, dès les stades présymptomatiques de la maladie, une dérégulation épigénétique et transcriptionnelle. Notamment, les études réalisées sur le striatum total de modèles de la MH ont mis en évidence une altération des régulations épigénétiques impliquées dans le maintien de l’identité des neurones du striatum. Toutefois, bien que cette altération épigénétique semble être centrale à la perte de fonction et la dégénérescence des neurones striataux, les mécanismes sous-jacents demeuraient à ce stade inconnus.
  Au cours de ma thèse, j’ai ainsi affiné la caractérisation de l’épigénome du striatum de modèles murins de la MH, en distinguant les types cellulaires et en précisant la dynamique temporelle par une étude à différents stades de la pathologie. Mes travaux ont permis d’identifier que les neurones striataux qui expriment le gène muté dans la MH présentent une accélération de l’érosion épigénétique associée au vieillissement cellulaire. Particulièrement, les gènes développementaux présentent une dérépression épigénétique qui est accélérée dans la MH, à la suite d’une déplétion des marques d’histones répressives induites par les complexes polycomb 1 et 2 (PRC1 et PRC2).
  Les régulations épigénétiques étant sensibles à l’environnement, j’ai dans un second temps caractérisé le phénotype comportemental et moléculaire de modèles murins de la MH hébergés en environnement enrichi (EE) afin de décrypter l’effet de l’EE sur les régulations épigénétiques et transcriptionnelles. Ensemble, les résultats issus de ces travaux permettent une meilleure compréhension des mécanismes pathogéniques de la MH, ainsi que l’identification de facteurs épigénétiques clés dont la modulation pourrait être bénéfique, offrant de nouvelles perspectives thérapeutiques.
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  UMR 7178 - Institut Pluridisciplinaire Hubert Curien - Département Ecologie, Physiologie et Ethologie (IPHC-DEPE)
  
  Directeurs de thèse : Dr. André ANCEL et Dr. Audrey BERGOUIGNAN
  
  Adaptations physiologiques et comportementales des éléphants de mer du sud (Mirounga leonina) face aux environnements et évènements extrêmes rencontrés tout au long de leur vie.
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  Dr. Laura CHARLANNE
  
  Prix de Thèse SBS "Ecole Doctorale des Sciences de la Vie et de la Santé"
  
  UMR 7178 - Institut Pluridisciplinaire Hubert Curien - Département Ecologie, Physiologie et Ethologie (IPHC-DEPE)
  
  Directeurs de thèse : Dr. André ANCEL et Dr. Audrey BERGOUIGNAN
  
  Adaptations physiologiques et comportementales des éléphants de mer du sud (Mirounga leonina) face aux environnements et évènements extrêmes rencontrés tout au long de leur vie.
  

  Les zones polaires sont soumises à des changements climatiques marqués qui tendent à s’intensifier, ce qui représente un défi pour les organismes résidents, en particulier les jeunes individus encore immatures. Comprendre les adaptations des animaux polaires aux contraintes auxquelles ils sont exposés régulièrement et à différents stades de vie est primordial pour envisager l’impact sur leur survie dans le contexte actuel. Nous nous sommes intéressés aux adaptations physiologiques et comportementales des éléphants de mer du sud, phocidés notamment résidents des îles Kerguelen, face aux événements extrêmes rencontrés tout au long de leur vie, tels que les plongées prolongées en apnée (parfois longues et profondes), et les phases à terre de restriction calorique, en environnement sub-polaire. Différents enregistreurs (GPS, accéléromètres) et capteurs de température stomacale ont été déployés sur des juvéniles et des adultes pour étudier leur comportement et déplacements à terre. Des biopsies musculaires ont été réalisées pour comprendre la mise en place des adaptations physiologiques à la faible disponibilité en oxygène et l’acclimatation des juvéniles à la vie aquatique.
  Ce travail a mis en évidence une grande variabilité de réponse des animaux selon les conditions environnementales et leur condition physiologique. Pendant la mue, nous identifions un effet déterminant de la température ambiante sur leur comportement à terre. Leur condition corporelle s’est aussi révélée centrale dans les comportements exprimés par les juvéniles dès le sevrage, et dans leur acclimatation aux plongées prolongées. Ces animaux ont enfin montré des adaptations cellulaires contribuant à équilibrer une demande énergétique importante à terre, lors d’une activité physique intense, ou de la lactation, et nous suggérons que leur expérience précoce et individuelle des contraintes telles que le déficit calorique et l’activité physique contribue à leur acclimatation à la vie aquatique à venir. Ce travail questionne désormais les conséquences à court et long terme de cette variabilité individuelle, surtout dans une zone sujette à des changements climatiques rapides et marqués.
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  UR 3072 - Mitochondrie, stress oxydant et plasticité musculaire – Centre de Recherche en Biomédecine de Strasbourg (CRBS)
  
  Directeur de thèse : Dr. Joffrey ZOLL
  
  Caractérisation du rôle délétère des glucides dans la physiopathologie de l’obésité et le cancer du sein et rôle bénéfique de l’alimentation cétogène
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  Dr. Anouk CHARLOT
  
  Prix de Thèse SBS "Alsace Contre le Cancer"
  
  UR 3072 - Mitochondrie, stress oxydant et plasticité musculaire – Centre de Recherche en Biomédecine de Strasbourg (CRBS)
  
  Directeur de thèse : Dr. Joffrey ZOLL
  
  Caractérisation du rôle délétère des glucides dans la physiopathologie de l’obésité et le cancer du sein et rôle bénéfique de l’alimentation cétogène
  

  L’obésité et le cancer sont les principales causes de mortalité dans le monde, et l’augmentation de leur prévalence est liée, en partie, à notre mode de vie. Cependant, le rôle joué par l’alimentation, et notamment celui des glucides, dans leur physiopathologie ainsi que dans leur prise en charge reste un sujet de débat. Dans un modèle murin d’obésité, nous avons montré qu’un régime riche en glucides et en lipides induit le développement de complications liées à l’obésité alors qu’un régime cétogène, riche en lipides et pauvre en glucides, prévient leur apparition malgré un apport calorique similaire. Dans un modèle murin de cancer mammaire spontané, nos travaux démontrent que le développement tumoral induit des adaptations hépatiques avec l’activation des voies endogènes de fabrication de glucose. Supprimer l’apport en glucose via le régime cétogène réduit la croissance tumorale, mais et exacerbe l’activation de la néoglucogenèse hépatique. Nos travaux mettent en lumière le rôle central du sucre et des glucides dans la physiopathologie de l’obésité et du cancer du sein, et indiquent que le régime cétogène, via sa restriction en glucides, est une approche thérapeutique intéressante dans leur prise en charge.
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  UMR 7364 - Laboratoire de neurosciences cognitives et adaptatives (LNCA)
  
  Directrice de thèse : Dr. Anne-Laurence BOUTILLIER
  
  Influence du facteur de risque APOE4 sur les signatures épigénomiques et transcriptomiques de l'hippocampe dans un environnement physiologique et pathologique indicatif de la Maladie à Corps de Lewy (MCL)
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  Dr. Iris GRGURINA
  
  Prix de Thèse SBS "Collectivité Européenne d’Alsace"
  
  UMR 7364 - Laboratoire de neurosciences cognitives et adaptatives (LNCA)
  
  Directrice de thèse : Dr. Anne-Laurence BOUTILLIER
  
  Influence du facteur de risque APOE4 sur les signatures épigénomiques et transcriptomiques de l'hippocampe dans un environnement physiologique et pathologique indicatif de la Maladie à Corps de Lewy (MCL)
  

  La Maladie d'Alzheimer (MA) et la Maladie à corps de Lewy (MCL) sont les pathologies neurocognitives les plus courantes. Dans la MA, comme dans la MCL, les neurones particulièrement vulnérables à la pathologie sont ceux de l'hippocampe, une structure clé pour la mémoire. Le facteur de risque le plus important pour les deux maladies est l'allèle E4 du gène de l'apolipoprotéine E (APOE4), principalement produit par les astrocytes dans le cerveau. Cependant, ses mécanismes d'action restent inconnus.
  Les modifications épigénétiques, influencées par l'environnement, régulent l'expression des gènes qui déterminent l'identité cellulaire, l'activité synaptique et la neurodégénérescence. Étant réversibles, elles peuvent être modulées par des moyens pharmacologiques et non pharmacologiques. Toutefois, pour appliquer avec succès ces "épi-thérapeutiques", il était d'abord nécessaire d'identifier les signatures moléculaires complexes spécifiques à APOE4, reliant l'épigénétique, l'expression des gènes et la pathologie – l'objectif principal de ma thèse.
  En appliquant de nouvelles techniques de séquençage à haute résolution et à l'échelle du génome, j'ai réussi à analyser des types cellulaires individuels, montrant pour la première fois qu'APOE4 provoque une forte dysrégulation (épi)génétique du dialogue du cholestérol et du fonctionnement synaptique entre les astrocytes et les neurones de l'hippocampe dans un environnement physiologique. Cependent, dans un environnement pathologique indicatif de la MCL, la dysrégulation (épi)génétique du cholestérol était accompagnée de perturbations du métabolisme énergétique, ainsi que de déficits comportementaux. Nous avons donc mis en évidence un basculement métabolique, lié à ceux du cholestérol et du glucose, dans les astrocytes/neurones comme un mécanisme inédit de développement/progression de la MCL induit par APOE4.
  Ces découvertes ouvrent la possibilité de tester des "épi-thérapeutiques" pour inverser les altérations métaboliques et synaptiques présentes chez les porteurs d'APOE4, et contribuer ainsi aux avancées sociétales et biomédicales pour améliorer le bien-être et l'autonomie des patients atteints de MA/MCL.
  
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  UMR_S 1329 – Neuroscience et Psychiatrie - Centre de Recherche en Biomédecine de Strasbourg (CRBS)
  
  Directeur de thèse : Dr. Luc DUPUIS
  
  Investigation of non-motor symptoms in amyotrophic lateral sclerosis: the role of the hypothalamus in sleep regulation and metabolic control
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  Dr. Simon GUILLOT
  
  Prix de Thèse SBS "Fondation Université de Strasbourg"
  
  UMR_S 1329 – Neuroscience et Psychiatrie - Centre de Recherche en Biomédecine de Strasbourg (CRBS)
  
  Directeur de thèse : Dr. Luc DUPUIS
  
  Investigation of non-motor symptoms in amyotrophic lateral sclerosis: the role of the hypothalamus in sleep regulation and metabolic control
  

  Amyotrophic lateral sclerosis —ALS— is a rare but devastating neurodegenerative disease that causes progressive degeneration of the motor neurons responsible for transmitting signals between the brain and muscles. This results in a progressive loss of muscle strength and, ultimately, paralysis. Despite significant advancements in research, the disease remains incurable, with a median life expectancy after diagnosis ranging from two to five years.
  My research has focused on the association between ALS and sleep disorders, which are frequently disregarded yet play a pivotal role in the progression of the disease. By combining the study of sleep disorders in ALS patients and presymptomatic carriers, I have discovered that alterations in sleep-wake cycles can appear well before the first motor signs. Utilising genetically modified models of ALS, I have ascertained that alterations in sleep-wake cycles manifest early, well before the emergence of clinical motor symptoms. These disturbances are associated with increased degeneration of motor neurons and exacerbated neuroinflammation. The modulation of specific neuronal circuits has been demonstrated to retard the progression of ALS in these models. The findings of this study suggest that the monitoring of sleep disorders could serve as an early biomarker, facilitating the diagnosis and management of the disease.
  These results offer novel therapeutic prospects, as they integrate sleep management into the care given to ALS patients, as well as explore the interactions between sleep mechanisms, inflammation and neurodegeneration. These results lay the foundations for clinical studies aimed at confirming these approaches in humans.
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  UPR 9002 - Architecture et Réactivité de l'ARN - Institut de Biologie Moléculaire et Cellulaire (IBMC)
  
  Directeur de thèse : Pr. Michaël RYCKELYNCK
  
  Développement d’ARN synthétiques par criblage microfluidique à ultrahaut-débit
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  Dr. Claire HUSSER
  
  Prix de Thèse SBS "ITI Institut du Médicament de Strasbourg"
  
  UPR 9002 - Architecture et Réactivité de l'ARN - Institut de Biologie Moléculaire et Cellulaire (IBMC)
  
  Directeur de thèse : Pr. Michaël RYCKELYNCK
  
  Développement d’ARN synthétiques par criblage microfluidique à ultrahaut-débit
  

  Les aptamères sont des acides nucléiques capables de reconnaître spécifiquement divers ligands et d’exercer des fonctions complexes comme l’inhibition enzymatique ou l’activation de la fluorescence de petites molécules. Notre équipe a développé une méthode de criblage microfluidique à ultra-haut débit (μIVC-seq), permettant de sélectionner des aptamères non pas uniquement pour leur capacité à lier leur cible mais aussi pour leur fonction.
  Ma thèse s’est articulée autour de deux axes : d’abord la mise en place d'une nouvelle méthode de sélection, qui a permis la sélection d’un aptamère inhibiteur d’une métallo-bêta-lactamase (impliquée dans la résistance aux antibiotiques), approche qui est aujourd’hui utilisée par notre équipe pour identifier des inhibiteurs ciblant d’autres enzymes d’intérêt thérapeutique ou biotechnologique.
  Ensuite, le développement de FluorMango, un biosenseur ARN fluorescent permettant la détection en temps réel des ions fluorures, qui est aujourd'hui utilisé pour le criblage d’enzymes dégradant les polluants PFAS.
  Ces travaux de thèse illustrent le potentiel des aptamères dans la lutte contre des défis globaux, tels que la résistance antimicrobienne et la pollution, tout en offrant des outils innovants pour la recherche et l'industrie.
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  UPR 2357 - Institut de Biologie Moléculaire des plantes (IBMP)
  
  Directeur de thèse : Dr. Damien GARCIA
  
  Étude du mode d’action de l'endoribonucléase DNE1 et de son influence sur le transcriptome chez Arabidopsis thaliana
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  Dr. Aude POUCLET
  
  Prix de Thèse SBS "Jean Schwartz"
  
  UPR 2357 - Institut de Biologie Moléculaire des plantes (IBMP)
  
  Directeur de thèse : Dr. Damien GARCIA
  
  Étude du mode d’action de l'endoribonucléase DNE1 et de son influence sur le transcriptome chez Arabidopsis thaliana
  

  La dégradation des ARN messagers (ARNm) joue un rôle clé dans la régulation de l'expression des gènes, le développement et la réponse au stress chez les eucaryotes. Une question essentielle dans ce domaine est d’identifier les facteurs impliqués dans ce processus et de comprendre leur spécificité d’action. Chez la plante modèle Arabidopsis thaliana, la protéine appelée DCP1-associated NYN domain endoribonuclease 1 (DNE1) a été récemment identifiée. DNE1, ainsi que des facteurs impliqués dans l’élimination de la coiffe, un nucléotide modifié protégeant de la dégradation l’extrémité 5’ des ARNm, joue un rôle dans la régularité de l’émergence des fleurs aussi appelée phyllotaxie. Cependant, plusieurs aspects fondamentaux de l’action de DNE1, incluant l’étendue du répertoire de ses cibles ARN, son mode d’action et sa spécificité restent encore à élucider.
  Lors de ma thèse, j’ai mis en place quatre approches transcriptomiques complémentaires afin d’identifier les ARNm ciblés par DNE1 et étudier son importance dans la régulation de l’expression des gènes. En combinant ces approches de séquençage d’ARN à haut débit, nous avons identifié un large éventail d’ARNm ciblés par DNE1 et nous avons pu mieux comprendre comment l’action de DNE1 se coordonne avec celle des facteurs activant l’élimination de la coiffe. Nous avons montré que DNE1 entre en contact avec les ARNm et les clive principalement dans la séquence codante. Nous avons également identifié que les cibles de DNE1 sont enrichies pour certaines caractéristiques, incluant des structures en quadruplexes de G et des petites séquences codantes dans les régions non traduites (upstreamORF), deux éléments connus pour réguler l’expression des gènes en influençant notamment la traduction. Le recoupement des données obtenues a permis de montrer que l’action de DNE1 entraîne différentes conséquences selon les ARNm cibles : certains étant soumis à une coupure interne tandis que d’autres voyant leur niveau d’accumulation varier. Enfin, nous avons découvert que l’activité de DNE1 modulerait également la conversion de certains ARNm en petits ARN interférents lorsque les mécanismes de retrait de la coiffe sont déficients.
  En parallèle de ce travail, j’ai caractérisé l’importance des domaines de DNE1 dans sa localisation et son interaction avec son principal partenaire protéique DCP1. Pour cela, j’ai couplé des prédictions d’interaction utilisant l’intelligence artificielle et l’apprentissage automatique par le logiciel AlphaFold, avec des validations expérimentales en deux hybrides de levure. Par cette approche, j’ai identifié les domaines et les résidus importants pour l’interaction entre DNE1 et DCP1.
  Mon travail de thèse représente une avancée majeure dans la compréhension de la spécificité et du mode d’action de DNE1 dans la dégradation des ARNm chez les végétaux.
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  UMR_S 1329 – Neuroscience et Psychiatrie - Centre de Recherche en Biomédecine de Strasbourg (CRBS)
  
  Directeurs de thèse : Pr. Vincent LAPRÉVOTE et Pr. Thomas SCHWITZER
  
  Les fonctions visuelles rétiniennes et corticales dans les troubles du spectre de la schizophrénie et les situations à risque de psychose
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  Dr. Irving REMY
  
  Prix de Thèse SBS "Transgene"
  
  UMR_S 1329 – Neuroscience et Psychiatrie - Centre de Recherche en Biomédecine de Strasbourg (CRBS)
  
  Directeurs de thèse : Pr. Vincent LAPRÉVOTE et Pr. Thomas SCHWITZER
  
  Les fonctions visuelles rétiniennes et corticales dans les troubles du spectre de la schizophrénie et les situations à risque de psychose
  

  Les troubles psychotiques comme la schizophrénie sont caractérisés par d’importantes conséquences fonctionnelles impactant une multitude de modalités somato-sensorielles ainsi que des fonctions intégratives de haut niveau. Depuis ces dernières décennies, il existe de nouvelles preuves émergentes concernant l’altération de fonctions associées à un plus faible niveau et en particulier la vision. Plus encore, le lien anatomique et fonctionnel entre la rétine et le cortex visuel, tous deux dérivés du diencéphale, nous a notamment permis d’émettre des hypothèses au regard de l’association entre les déficits présents sur ces deux étages visuels en électrorétinographie (ERG) et en électroencéphalographie (EEG) dans diverses pathologies sous-jacentes aux états psychotiques.
  En ce sens, le projet REVIPSY (REtinal and VIsual cortical responses in early PSYchosis) qui repose sur une collaboration CIFRE entre l'Inserm UMRS 1329, l'Université de Strasbourg et l’entreprise parisienne BioSerenity (75), réside notamment dans le développement R&D industriel ainsi qu'à l'utilisation d'un appareil de mesure innovant nommé Retinaute®. Ce dispositif permet de recueillir d’une manière concomitante et simultanée l'activité ERG et EEG en réponse à des flashs visuels. Les résultats associés à l’utilisation du dispositif ont montré des déficits présents sur la plupart des étages rétiniens ainsi que des altérations du cortex visuel primaire chez des patients se situant en phase précoce de psychose (psychose atténuée ou psychose intermittente ou premier épisode psychotique) en comparaison à des contrôles sains. Ces résultats viennent répliquer ceux de précédentes études menées par notre équipe, indiquant des altérations rétiniennes et corticales dans le trouble de l’usage de cannabis et dans la schizophrénie, avec une association entre les déficits rétiniens et corticaux dans la maladie psychiatrique chronique.
  Le dispositif Retinaute® introduit une prouesse nouvelle qui reste néanmoins peu abordée dans le passé : le fait qu'il est possible et crucial de mesurer d'une manière couplée et simultanée l'activité associée aux étages rétiniens et corticaux. Ces investigations permettraient ainsi d'établir (1) Que le traitement d'entrée du signal visuel est altéré dans différents états associés à la psychose (2) Qu'il existe un lien potentiel entre les altérations ERG et EEG dans ces populations et (3) Que ces altérations électrophysiologiques seraient associées à des symptômes de la psychose chez certains patients. À l'avenir, ces mesures électrophysiologiques permettraient d'être utilisées dans les évaluations de routine en supplément des questionnaires établis par les médecins à des fins d'améliorations cliniques et diagnostiques. Ce constat permettrait ainsi d’améliorer la physiopathologie des troubles et d'optimiser voire de créer de nouveaux biomarqueurs en recherche clinique chez des patients atteints de troubles psychotiques. L'une des autres perspectives de ce projet réside également dans l'utilisation de l'intelligence artificielle et du machine-learning appliqués sur ce type de données électrophysiologiques, ce qui favoriserait l’homogénéisation des sous-groupes de patients tout en participant davantage à l'élaboration d'un diagnostic rapide, fiable, objectif et reproductible à l'aide de ces mesures standardisées par les professionnels de santé en milieu ambulatoire ou dans les structures de soins spécialisées.
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  UMR 7104 - U 1258 - Institut de Génétique et de Biologie Moléculaire et Cellulaire (IGBMC)
  
  Directeurs de thèse : Dr. Jocelyn LAPORTE et Dr. Julie THOMPSON
  
  Caractérisation multi-échelle de maladies génétiques rares par intégration multi-omique et bioinformatique
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  Dr. Alix SIMON
  
  Prix de Thèse SBS "Eurométropole de Strasbourg"
  
  UMR 7104 - U 1258 - Institut de Génétique et de Biologie Moléculaire et Cellulaire (IGBMC)
  
  Directeurs de thèse : Dr. Jocelyn LAPORTE et Dr. Julie THOMPSON
  
  Caractérisation multi-échelle de maladies génétiques rares par intégration multi-omique et bioinformatique
  

  Les myopathies centronucléaires (CNM) sont des maladies génétiques rares et sévères caractérisées par la présence anormale de noyaux centraux dans les fibres musculaires. Les patients atteints de CNM présentent une faiblesse musculaire généralisée, une atrophie musculaire, et une espérance de vie réduite. Les CNM sont causées par des mutations dans plusieurs gènes, parmi lesquels MTM1, BIN1, et DNM2. Les mécanismes reliant les mutations causatives aux phénotypes observés chez les patients atteints de CNM sont partiellement connus, et aucun traitement curatif n’est actuellement disponible.
  Afin d’investiguer les mécanismes pathologiques impliqués dans les CNM, j'ai réalisé une caractérisation multi-échelle de ces maladies dans des modèles murins en combinant des données omiques expérimentales, des données phénotypiques, et des bases de connaissances publiques. Premièrement, une étude de transcriptomique dans plusieurs tissus a mis en évidence de potentiels mécanismes compensatoires préservant la fonction cardiaque dans la CNM liée à MTM1. Ensuite, une étude de transcriptomique sur noyaux isolés dans le muscle a révélé la présence de populations de noyaux pathologiques spécifiques des CNM. Le programme transcriptionnel de ces populations pourrait expliquer les phénotypes musculaires observés chez les souris et les patients. Enfin, l’intégration de données multi-omiques grâce à des réseaux multiplexes hétérogènes et des bases de connaissances publiques a permis d’obtenir une vision holistique des CNM reliant plusieurs niveaux moléculaires et phénotypiques.
  Ces travaux ont révélé des voies moléculaires et des processus biologiques clés dans la pathogénèse des CNM. Ils enrichissent notre compréhension des phénomènes clés observés dans ces maladies, comme la centralisation anormale des noyaux dans les fibres musculaires. D’autre part, ils ouvrent la voie à l’identification de nouvelles cibles thérapeutiques et biomarqueurs, ce qui pourrait transformer la prise en charge des patients atteints de myopathies centronucléaires.
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  UMR CNRS 7156 - Génétique moléculaire, génomique, microbiologie (GMGM)
  
  Directeurs de thèse : Pr. Joseph SCHACHERER et Dr. Anne FRIEDRICH
  
  Analyse de la variation de l’abondance des transcrits et des protéines à l’échelle de l’espèce chez la levure
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  Dr. Elie TEYSSONNIÈRE
  
  Prix de Thèse SBS "Société de Biologie de Strasbourg"
  
  UMR CNRS 7156 - Génétique moléculaire, génomique, microbiologie (GMGM)
  
  Directeurs de thèse : Pr. Joseph SCHACHERER et Dr. Anne FRIEDRICH
  
  Analyse de la variation de l’abondance des transcrits et des protéines à l’échelle de l’espèce chez la levure
  

  La variation de l'expression des gènes entre individus est un phénomène central dans l’apparition de certaines maladies, mais aussi plus généralement pour expliquer les différences phénotypiques observées au sein d’une espèce. Cependant, en raison de la complexité de la régulation de l’expression génique impliquant plusieurs acteurs moléculaires sur plusieurs étapes (transcription, traduction, dégradation des protéines, etc.), ces variations d’expression entre individus sont peu étudiées à l’échelle des populations, limitant grandement notre compréhension du lien entre génotype et phénotype. Pendant ma thèse, j’ai utilisé une population de levure de plus de 1 000 individus pour caractériser ces variations d’expression des gènes en combinant plusieurs jeux de données (données génomiques, abondances d’ARNm ou de protéines, quantification de la traduction…). Nous avons pu révéler qu’en dépit de la nature linéaire du processus d’expression des gènes, chacune de ses étapes variait selon des tendances propres. Par ailleurs, les bases génétiques qui gouvernent les variations entre individus sont très spécifiques à chacune des étapes de l’expression (transcriptome, protéome, etc.). Dans l’ensemble, ces résultats ont permis de mieux comprendre les mécanismes de régulation et de variation de l’expression des gènes, mais aussi de mieux prédire l’effet des différences génétiques entre individus sur ce processus.