Prix de Thèse 2025

Les lauréats

• 
  UPR 2357 - Institut de biologie moléculaire des plantes (IBMP)
  
  Directeur de thèse : Dr. Todd BLEVINS
  
  Functional study of Pol IV-SHH1 docking in small RNA biogenesis and transposon silencing
  ">
  Dr. Luisa FELGINES
  
  Prix de Thèse SBS "Jean Schwartz"
  
  UPR 2357 - Institut de biologie moléculaire des plantes (IBMP)
  
  Directeur de thèse : Dr. Todd BLEVINS
  
  Functional study of Pol IV-SHH1 docking in small RNA biogenesis and transposon silencing
  

  Chez les eucaryotes, l’ARN polymérase II (Pol II) synthétise les ARNm, permettant leur traduction en protéines nécessaires aux fonctions cellulaires. Cependant, les génomes contiennent aussi des éléments transposables (TE) susceptibles d’interférer avec ces mécanismes. Chez Arabidopsis thaliana, l’ARN polymérase IV (Pol IV) transcrit les TE pour produire des petits ARN interférents (siARN) qui guident la méthylation de l’ADN et répriment les TE. Pol IV s’assemble avec des protéines de type SNF2 (CLSY1/2/3/4) et SHH1, lui permettant d’être recruté vers ses cibles. La préférence d’association de Pol IV avec les CLSYs et SHH1, plutôt qu’aux facteurs de transcription de Pol II, restait inconnue. Au cours de ma thèse, j’ai réalisé des analyses phylogénétiques, structurales et protéomiques qui ont révélé un nouveau motif d’interaction aux CLSYs, localisé au niveau de la « clamp head » de Pol IV, permettant d’étayer un modèle « un CLSY par Pol IV », où quatre complexes Pol IV-CLSY sont recrutés à différentes régions du génome chez Arabidopsis. J’ai ensuite identifié une plateforme propre à CLSY1, indispensable à son assemblage avec SHH1 et à la production de siARN. La plateforme de CLSY1 et la protéine SHH1 sont conservées chez les plantes à graines, suggérant une coévolution CLSY1–SHH1 permettant la répression des TE. Ensemble, ces résultats permettent d’élucider les particularités structurels et fonctionnels qui distinguent Pol IV des autres ARN polymérases, permettant de comprendre sa contribution à la stabilité génomique en ciblant les TE pour leur répression chez les plantes.
• 
  UMR 7104 / U 1258 - Institut de Génétique et de Biologie Moléculaire et Cellulaire (IGBMC)
  
  Directrice de thèse : Christelle GOLZIO
  
  Rôle développemental du gène à effet de dose CHD1L et son implication dans les syndromes demicrodélétion et de microduplication 1Q21.1 chez l’homme
  ">
  Dr. Marianne LEMEE
  
  Prix de Thèse SBS "Prix Jean-Marie Mantz – Faculté de Médecine de Strasbourg"
  
  UMR 7104 / U 1258 - Institut de Génétique et de Biologie Moléculaire et Cellulaire (IGBMC)
  
  Directrice de thèse : Christelle GOLZIO
  
  Rôle développemental du gène à effet de dose CHD1L et son implication dans les syndromes demicrodélétion et de microduplication 1Q21.1 chez l’homme
  

  Les variations du nombre de copies (CNV) de la région chromosomique distale 1q21.1 sont responsables de syndromes caractérisés par des variations anthropométriques en miroir, des malformations congénitales et des troubles neurodéveloppementaux (TND) chez l’Homme. Plus précisément, la duplication de la région distale 1q21.1 est associée à une macrocéphalie et à une grande taille corporelle (syndrome de microduplication), tandis que la délétion est associée à une microcéphalie et à une taille réduite (syndrome de microdélétion). Les syndromes 1q21.1 présentent une pénétrance incomplète ainsi qu’une grande variabilité phénotypique, rendant leur diagnostic et leur étude complexes. En conséquence, l’implication des dix gènes présents dans la région région 1q21.1 dans les syndromes reste mal comprise. Mon travail de thèse visait à identifier le(s) gène(s) responsable(s) des phénotypes associés aux syndromes 1q21.1 et à caractériser les mécanismes biologiques sous-jacents associés aux TND.
  Par la modulation de l’expression des dix gènes de la région distale 1q21.1 in vivo, nous avons identifié le gène CHD1L, un remodeleur de la chromatine, comme responsable des phénotypes en miroir observés chez les patients. Nous avons développé des modèles cellulaires humains in vitro couplés à des approches multi-omiques pour étudier le rôle développemental de CHD1L, ce qui a permis de révéler ses interactions avec des facteurs de transcription et des complexes protéiques majeurs du neurodéveloppement. Nous avons ainsi montré que ce remodeleur régule l’expression de gènes impliqués dans la neurogenèse, la croissance corporelle et le développement du système urogénital. Enfin, nos résultats suggèrent l’existence d’un trouble associé à CHD1L seul, caractérisé par une expressivité variable et une pénétrance incomplète.
  Ce travail de thèse a permis d’identifier l’origine génétique des syndromes 1q21.1 en précisant la contribution des gènes de la région aux phénotypes observés chez les patients. Il met également en évidence des réseaux de régulation génétique impliqués dans le développement cérébral humain, dont les dérégulations sont associées aux TND. Décrypter la génétique des CNV pathogéniques contribue à une meilleure compréhension des TND et à l’identification de pistes prometteuses pour améliorer la qualité de vie des patients.
  
• 
  U 1329 Strasbourg Translational Neuroscience and Psychiatry (STEP)
  
  Directeur de thèse : Pr. Luc DUPUIS
  
  Contribution of inhibitory neurons to the ALS-FTD continuum: focus on motor and social phenotypes associated with FUS protein
  ">
  Dr. Félicie LORENC
  
  Prix de Thèse SBS "ITI Neurostra"
  
  U 1329 Strasbourg Translational Neuroscience and Psychiatry (STEP)
  
  Directeur de thèse : Pr. Luc DUPUIS
  
  Contribution of inhibitory neurons to the ALS-FTD continuum: focus on motor and social phenotypes associated with FUS protein
  

  Chaque jour en France, cinq personnes apprennent qu’elles sont atteintes de sclérose latérale amyotrophique (SLA) et cinq autres en décèdent. La SLA, aussi appelée maladie de Charcot, est étroitement liée à la démence fronto-temporale (DFT). La première provoque une paralysie progressive des muscles, tandis que la seconde entraîne des changements marqués du comportement et de la personnalité. Ces deux maladies neurodégénératives sont invalidantes, fatales, et restent aujourd’hui incurables, en partie parce que leurs causes et mécanismes sont mal compris.
  Au cours de ma thèse, je me suis intéressée à un type de cellules nerveuses souvent négligé : les neurones inhibiteurs du cerveau et de la moelle épinière. Ces cellules semblent être affectées très tôt dans ces maladies et pourraient contribuer à l’apparition et la progression de certains symptômes. Pour tester cette hypothèse, j’ai créé de nouvelles lignées de souris chez qui j’ai pu induire ou supprimer une mutation associée à la SLA et la DFT, et ce spécifiquement dans les neurones inhibiteurs. En étudiant le comportement des souris, j’ai montré qu’altérer ces neurones influence l’activité cérébrale (altérée dans la SLA et la DFT), la force musculaire (altérée dans la SLA) et la sociabilité (altérée dans la DFT). Ces travaux s’ajoutent à des études, récentes et peu nombreuses, qui suggèrent que les neurones inhibiteurs contribuent aux maladies neurodégénératives et pourraient être une nouvelle cible thérapeutique prometteuse.
  
• 
  UMR_S 1109 ImmunoRhumatologie moléculaire (IRM)
  
  Directrices de thèse : Dr. Anne-Sophie KORGANOW et Pauline SOULAS-SPAUEL
  
  Rôle de la poche mineure de CXCR4 dans l’immunomodulation des lymphocytes B
  ">
  Dr. Stéphane GIORGIUTTI
  
  Prix de Thèse SBS "Alsace Contre le Cancer"
  
  UMR_S 1109 ImmunoRhumatologie moléculaire (IRM)
  
  Directrices de thèse : Dr. Anne-Sophie KORGANOW et Pauline SOULAS-SPAUEL
  
  Rôle de la poche mineure de CXCR4 dans l’immunomodulation des lymphocytes B
  

  CXCR4 est un récepteur aux chimiokines exprimé à la surface de nombreuses cellules, dont les lymphocytes B, acteurs essentiels de l’immunité humorale. Son ligand principal, CXCL12, joue un rôle clé dans la migration cellulaire et le maintien de l’homéostasie du système immunitaire. L’interaction entre CXCR4 et CXCL12 permet notamment d’orienter les cellules vers des environnements spécifiques nécessaires à leur développement et à leur fonction.
  Dans ce contexte, nous nous sommes intéressés à une région particulière du récepteur CXCR4, appelée la poche mineure, située au sein du site de liaison au ligand.
  Nos résultats montrent que la fixation d’un ligand dans cette région est capable d’inhiber l’activation des lymphocytes B. Elle empêche également leur différenciation en cellules productrices d’anticorps. De manière intéressante, ce mécanisme apparaît distinct de la voie de signalisation canonique induite par CXCL12, et met en évidence un lien inédit entre CXCR4 et la machinerie autophagique.
  Ces résultats ouvrent la voie à une meilleure compréhension de l’homéostasie des lymphocytes B, ainsi qu’au développement de nouvelles approches visant à moduler les réponses immunitaires, notamment dans les maladies auto-immunes.
  
• 
  UMR 7156 - Génétique moléculaire, génomique, microbiologie (GMGM)
  
  Directeurs de thèse : Dr. Joseph SCHACHERER et Anne FRIEDRICH
  
  The genotype phenotype relationship through the pangenome perspective
  ">
  Dr. Victor LOEGLER
  
  Prix de Thèse SBS "Fondation Université de Strasbourg"
  
  UMR 7156 - Génétique moléculaire, génomique, microbiologie (GMGM)
  
  Directeurs de thèse : Dr. Joseph SCHACHERER et Anne FRIEDRICH
  
  The genotype phenotype relationship through the pangenome perspective
  

  La variation génomique au sein d'une espèce constitue la base de la variation phénotypique héréditaire sur laquelle agit la sélection naturelle. Cependant, la relation entre les génotypes et les phénotypes est très complexe et notre compréhension des mécanismes sous-jacents reste limitée. En particulier, la détection et l'analyse de l'effet des grands variants génomiques, allant des variants structurels (plus de 50 paires de bases) aux duplications du génome entier, sont particulièrement difficiles. Cette thèse vise à étudier l'impact phénotypique de tels variants en exploitant les populations naturelles de deux espèces de levure, chacune comprenant plus d'un millier d'isolats. La construction du pangénome à l'aide d'assemblages quasi-télomères-à-télomères a permis la création d'un catalogue complet de variants génomiques. Des études d'association portant sur plus de 8 000 caractères moléculaires et au niveau de l’organisme ont révélé l'impact relativement plus important des SV sur la variation des caractères, ainsi que des divergences entre l’architecture génétique de différents types de caractères. En outre, nous nous sommes concentrés sur l'impact phénotypique de l'allopolyploïdisation, qui correspond au gain d'une copie complète du génome par
  hybridation. Les analyses considérant les différents sous-génomes ont démontré l'impact important du génome acquis sur la diversification génomique et phénotypique des isolats polyploïdes. L'ensemble de ces travaux met en évidence le large impact phénotypique des grands variants génomiques au niveau de l'espèce.
  
• 
  UMR 7104 / U 1258 Institut de Génétique et de Biologie Moléculaire et Cellulaire (IGBMC)
  
  Directeurs de thèse : Dr. Jocelyn LAPORTE et Johann BOHM
  
  Novel therapeutic approaches for neuromuscular disorders
  ">
  Dr. Marie GORET
  
  Prix de Thèse SBS "ITI Institut du Médicament de Strasbourg"
  
  UMR 7104 / U 1258 Institut de Génétique et de Biologie Moléculaire et Cellulaire (IGBMC)
  
  Directeurs de thèse : Dr. Jocelyn LAPORTE et Johann BOHM
  
  Novel therapeutic approaches for neuromuscular disorders
  

  Les mutations du gène DNM2, codant un régulateur clé du trafic membranaire, causent deux maladies neuromusculaires distinctes : la myopathie centronucléaire (CNM) et la neuropathie de Charcot-Marie-Tooth (CMT). La CNM résulte d’un mécanisme de gain de fonction, et la réduction de DNM2 améliore la pathologie chez les souris. En revanche, les mécanismes responsables de la CMT restaient inexplorés et aucune approche thérapeutique n’avait été évaluée. Par croisement génétique de modèles murins porteurs de mutations Dnm2 associées à la myopathie et à la neuropathie, j’ai démontré que les souris doublement mutées ne développent aucune des deux maladies, malgré la présence des deux mutations. Ce résultat inattendu révèle que la neuropathie liée à DNM2 repose sur un mécanisme opposé à celui de la myopathie, à savoir une perte de fonction. Afin de valider cette hypothèse, la diminution génétique de BIN1, un régulateur négatif de DNM2, a été réalisée dans un modèle murin de Dnm2-CMT et a permis de démontrer que l’augmentation de l’activité de DNM2 améliore significativement les caractéristiques de la neuropathie. Des approches de thérapie génique par vecteurs AAV, visant à surexprimer DNM2, ont également été évaluées chez ces modèles. Ces travaux apportent la première preuve de concept en faveur du ciblage thérapeutique de DNM2 dans la CMT. En conclusion, cette thèse établit des mécanismes physiopathologiques opposés entre la CNM et la CMT liées à DNM2 et ouvre de nouvelles perspectives thérapeutiques pour ces maladies neuromusculaires rares.
• 
  UMR 7104 / U 1258 Institut de Génétique et de Biologie Moléculaire et Cellulaire (IGBMC)
  
  Directeur de thèse : Dr. Jocelyn LAPORTE
  
  Comparative analysis of viral vectors and development of non-viral muscle-targetes gene delivery systems with application to BIN1-related centronuclear myopathy
  ">
  Dr. Jacqueline JI
  
  Prix de Thèse SBS "Transgene"
  
  UMR 7104 / U 1258 Institut de Génétique et de Biologie Moléculaire et Cellulaire (IGBMC)
  
  Directeur de thèse : Dr. Jocelyn LAPORTE
  
  Comparative analysis of viral vectors and development of non-viral muscle-targetes gene delivery systems with application to BIN1-related centronuclear myopathy
  

  Les myopathies centronucléaires (CNM) sont des maladies musculaires génétiques rares affectant la structure et la fonction du muscle squelettique. Cette thèse visait à développer des systèmes de délivrance génique spécifiquement ciblés vers le muscle squelettique par des approches virales ou non virales, avec un focus particulier sur la CNM liée à BIN1 (CNM-
  BIN1). L’analyse comparative d’AAV myotropiques dérivées de l’AAV9 a identifié MyoAAV4A comme le vecteur le plus performant pour la transduction du muscle et du cœur, tout en dé-ciblant le foie. En parallèle, des nanoparticules lipidiques fonctionnalisées avec le peptide MyomP1 (MyomP1-LNPs) ont été développées afin d’obtenir un ciblage musculaire actif et une réduction de la captation hépatique, offrant ainsi une alternative non virale prometteuse. L’utilisation du vecteur optimisé MyoAAV4A pour la thérapie de remplacement du gène BIN1 a permis de restaurer la structure et la fonction musculaires chez des souris CNM- BIN1, même après l’apparition de la maladie, en corrigeant les caractéristiques clés de la CNM telles que la faiblesse et l’atrophie musculaires, grâce à la restauration du réseau des tubules T et des protéines impliquées dans le couplage excitation-contraction. Dans l’ensemble, ce travail propose des plateformes virales et non virales efficaces pour la thérapie génique ciblée du muscle et ouvre de nouvelles perspectives thérapeutiques pour les CNM liées à BIN1 et, plus largement, pour d’autres maladies musculaires génétiques.
  
• 
  UMR 7104 / U 1258 Institut de Génétique et de Biologie Moléculaire et Cellulaire (IGBMC)
  
  Directeurs de thèse : Dr. Albert WEIXLBAUMER
  
  Unravellin the early events of transcription-translation coupling in bacteria : structural snapshots of ribosome recruitment to nascent mRNA
  ">
  Dr. Huma RAHIL
  
  Prix de Thèse SBS "Eurométropole de Strasbourg"
  
  UMR 7104 / U 1258 Institut de Génétique et de Biologie Moléculaire et Cellulaire (IGBMC)
  
  Directeurs de thèse : Dr. Albert WEIXLBAUMER
  
  Unravellin the early events of transcription-translation coupling in bacteria : structural snapshots of ribosome recruitment to nascent mRNA
  

  Gene expression is a fundamental process of life, requiring the precise coordination of two molecular machines: RNA polymerase (RNAP), which transcribes DNA into mRNA, and the ribosome, which translates mRNA into protein. In bacteria, these two processes are physically and kinetically coupled, yet how the ribosome is actively recruited to a newly synthesized mRNA emerging from RNAP has remained poorly understood. My thesis work addresses this fundamental gap using single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM) to visualize the molecular machinery of coupled transcription-translation. My work reveals a novel mechanism by which RNAP assists ribosome recruitment to nascent mRNA. Using cryo-EM, I reconstituted and visualized complexes between an actively transcribing RNAP and an initiating 30S ribosomal subunit in the presence of the transcription factor NusG and initiator tRNA, capturing for the first time distinct functional states of this coupled molecular machinery. NusG is known to form a physical bridge between RNAP and the ribosome in coupled complexes. Cryo-EM analysis revealed several distinct functional states of this coupled complex, each providing new mechanistic insight. In one novel state, RNAP is tethered near the mRNA exit channel of the 30S ribosome through ribosomal protein bS1, which captures the nascent mRNA as it emerges from RNAP. This mRNA is then delivered to the 16S rRNA, forming the Shine-Dalgarno duplex in a previously unobserved orientation. I propose that this state represents an early intermediate in RNAP-assisted mRNA recruitment to the ribosome. In a second state, RNAP is coupled via NusG to the 30S ribosome at the mRNA entrance tunnel, but the ribosome adopts an inactive conformation with misfolded rRNA elements and a disrupted decoding center. This inactive 30S state raises important new questions about how ribosomes become activated during coupled transcription-translation. My ongoing work aims to determine how translation initiation factors act on these inactive 30S subunits to promote their activation. Together, these findings provide fundamental new insights into one of the most critical steps in bacterial gene expression and addressed mechanistic role of bS1 in mRNA recruitment and open new avenues for understanding how cells coordinate and regulate protein synthesis at the molecular level.
• 
  Directeurs de thèse : Dr. Emmanuelle Passegué, UCSF (San Francisco) et Dr Kevin Wlash, Genentech (South San Francisco)
  
  Targeted regulation of myeloid cells in the bone marrow and enhanced activation of T lymphocytes in breast tumors to improve cancer therapies
  ">
  Dr. Aurélie HERAULT
  
  Prix de Thèse SBS "Société de Biologie de Strasbourg"
  
  Directeurs de thèse : Dr. Emmanuelle Passegué, UCSF (San Francisco) et Dr Kevin Wlash, Genentech (South San Francisco)
  
  Targeted regulation of myeloid cells in the bone marrow and enhanced activation of T lymphocytes in breast tumors to improve cancer therapies
  

  Cette étude identifie NKG2D comme cible thérapeutique pour le cancer du sein, grâce à son expression sur les lymphocytes CD8+ tumoraux. Nous avons développé des anticorps bispécifiques HER2-CRB, ciblant HER2 et activant NKG2D. Ces anticorps induisent la production de cytokines et augmentent la cytotoxicité des cellules NK et CD8+, montrant leur efficacité en combinaison avec des TDB dans des modèles murins, offrant un potentiel en immunothérapie combinée.
  Malgré l’augmentation de l’activité des cellules T, nous observons cependant de nombreux mécanismes de résistance impliquant les cellules myélocytaires. En utilisant l'imagerie, nous avons observé que, pendant la régénération, les progéniteurs granulocyte/macrophage (GMP) se regroupent en clusters distincts dans la moelle osseuse. La libération de signaux de la niche (SCF, IL-1β, G-CSF, TGFβ, CXCL4) et l'activation de réseaux de renouvellement favorisent cette formation. Dans la leucémie, ces clusters sont constamment générés et cela pourraient être le cas dans le contexte de tumeurs solides et contribuer à des mécanismes de résistance aux traitements.
  
• 
  UMR 7178 - Institut Pluridisciplinaire Hubert Curien - Département Ecologie, Physiologie et Ethologie (IPHC-DEPE)
  
  Directeurs de thèse : Dr. Vincent VIBLANC et Charles-André BOST
  
  Etude des liens entre les performances de nourrissage en mer, la condition physiologique et le succès reproducteur à terre chez le manchot royal et le gorfou macaroni
  ">
  Dr. Camille LEMONNIER
  
  Prix de Thèse SBS "Société de Biologie de Strasbourg"
  
  UMR 7178 - Institut Pluridisciplinaire Hubert Curien - Département Ecologie, Physiologie et Ethologie (IPHC-DEPE)
  
  Directeurs de thèse : Dr. Vincent VIBLANC et Charles-André BOST
  
  Etude des liens entre les performances de nourrissage en mer, la condition physiologique et le succès reproducteur à terre chez le manchot royal et le gorfou macaroni
  

  Chez les oiseaux marins, le succès de la reproduction est intimement lié à la performance des adultes dans la colonie à terre, mais aussi lors des voyages en mer. Cette thèse porte sur les manchots royaux et gorfous macaronis, deux espèces d’oiseaux marins plongeurs de l’Océan Austral qui montrent des stratégies de soins parentaux distinctes. Ces oiseaux marins sont particulièrement intéressants car ils cumulent les contraintes liées à l’habitat marin lorsqu’ils se nourrissent en mer, et celles liées à l’habitat terrestre lors de la reproduction. Ces deux dimensions ont rarement été étudiées de façon concomitante chez ces espèces qui présentent des adaptations physiologiques et comportementales liées à ces conditions de vie uniques. Ce travail démontre que le comportement en mer des manchots varie à la fois selon les conditions océaniques et l'équilibre entre investissement dans la reproduction et maintenance de l’organisme, avec des différences suivant le sexe et la stratégie reproductrice. Cette flexibilité comportementale est une des clés de leur adaptation et de leur réponse face à des modifications rapides dans leur environnement. À terre, la densité dans colonies influence à la fois l'état physiologique des parents et celui de leur poussin. En particulier, les conditions précoces d’élevage des poussins influencent leur croissance et leur survie à court-terme avec un avantage net en termes de survie chez les poussins qui grandissent dans les zones les plus denses. Ces travaux de thèse ouvrent des perspectives d'études sur les effets à long‐terme de l'environnement à la fois à terre et en mer sur la performance des individus.
• 
  UPR 2357 - Institut de biologie moléculaire des plantes (IBMP)
  
  Directeurs de thèse : Dr. Philippe GIEGE
  
  Characterization of plant mitochondrial translation initiation complexes
  ">
  Dr. Vasileios SKALTSOGIANNIS
  
  Prix de Thèse SBS "Ecole Doctorale des Sciences de la Vie et de la Santé"
  
  UPR 2357 - Institut de biologie moléculaire des plantes (IBMP)
  
  Directeurs de thèse : Dr. Philippe GIEGE
  
  Characterization of plant mitochondrial translation initiation complexes
  

  Mitochondria play a crucial role in maintaining cellular health by supplying chemical energy through the process of oxidative phosphorylation. To perform their vital functions, they rely heavily on their dedicated gene expression system. Mitochondrial ribosomes (mitoribosomes), direct the last step of gene expression by decoding mitochondrial mRNAs to produce only a handful of mitochondria-encoded proteins. However, the first steps of mitochondrial translation in plants remain elusive. How mitoribosomes reach a translation-ready state and how they are delivered to mRNAs to initiate translation, are still open questions. Here, we use biochemical and proximity labeling approaches to explore the interactome of mitochondrial translation initiation complexes and pinpoint the action of plant-specific translational activators. Moreover, we use cryo-electron microscopy to provide a high-resolution structural characterization of the plant mitoribosome in maturation and active translation states. Additionally, we identify the comprehensive set of ribosomal RNA modifications. Finally, we provide structures of pre-initiation and initiation complexes that allow to propose a sequence of events leading to translation initiation in plant mitochondria. Our findings provide molecular and mechanistic insights into the first steps of translation in plant mitochondria.